Unser Gebiet war schon in der Steinzeit besiedelt, was einige Funde bestätigen. Zahlreiche Funde gibt es auch von der Bronze- und Eisenzeit

Im Jahr 1318 wurde unsere Gemeinde erstmals urkundlich erwähnt, unter dem Namen "Banfalva". Die Siedlung lag noch nicht auf dem jetzigen Gemeindegebiet, sondern näher zum Neusiedler See. Der hohe Wasserspiegel zwang die Einwohner, ihre Häuser zu verlassen. 1410 wurde die Gemeinde unter dem Namen Apathlan auf dem jetzigen Gebiet errichtet. Die ältesten Straßen des Ortes sind Kirchengasse, Wasserzeile und Söllnergasse (heute Quergasse).

Im Lauf der Zeit trug die Gemeinde verschiedene Namen: Vytezfelde, Banfalu, Banfalvy, Apathlan, Apethlonensis, Apotlan, Appetlon, Mosonbánfalva, ...

Die Bedeutung des Ortsnamens ist unklar. Die populärste Übersetzung ist "Vaterlos". 

Im Laufe der Jahre wurde das Dorf von den Türken verwüstet (1529 und 1683), von der Pest (1713), Hungersnöten und Heuschrecken heimgesucht, als auch von Bränden verwüstet. 

Nach dem 1. Weltkrieg kam das Burgenland, und damit auch die Gemeinde, zu Österreich, und wurde von da an Apetlon genannt. 

Am 1. Oktober 1991 wurde die Großgemeinde Apetlon zur Marktgemeinde erhoben. 

Im Jahr 1993 wurde der Nationalpark Neusieder See - Seewinkel aus der Taufe gehoben. Kernstück davon sind die Naturzone, die auf dem Apetloner Hotter liegt, und die Lange Lacke, die lange davor schon als Naturschutzgebiet deklariert worden war. 

Seit dem Jahr 2001 gehört Apetlon zum UNESCO Weltkulturerbe Fertö - Neusieder See.